淋病雙球菌為生殖道致病菌，可引起之臨床疾病有：在男性會引起化膿性尿道炎，會排出黃色膿汁，排尿有疼痛感，若未治療，將繼續往上造成攝護腺炎，副睪丸炎，進而導致尿道狹窄或不孕。在女性會引起陰道炎，尿道炎，子宮頸炎，輸卵管炎，骨盆炎，卵巢炎，進而造成輸卵管阻塞或排卵功能喪失，造成不孕等。少數人會有瀰漫性淋病雙球菌感染（disseminated gonococcal infection，DGI），化膿性關節炎，心內膜炎等。若孕婦被感染淋病雙球菌，則生產時，嬰兒經由產道出生可能會受到感染，而產生淋菌性眼炎。