B型肝炎e抗原在臨床上被認為是活動性B肝的指標，e抗原存在病毒的核心，唯有確定HBsAg（+）時，e抗原才有可能存在。e抗原呈陽性的患者，意味著B肝病毒正處於大量複製的階段，血液、體液、分泌物中的病毒數目顯著增多，為感染性最高的時期，因此HBeAg常被當做B肝高傳染力的指標。HBeAg通常在B肝感染後不久隨著HBsAg相繼出現，大部份健康帶原者之HBeAg會在6個月到數年間消失，危險性及傳染力皆因此降低。但少數慢性肝炎患者，HBeAg始終持續存在且肝功能也持續異常，此類患者日後發展成肝硬化或肝癌的機率將大增。HBeAg（+）時，血液中病毒數目很多，此時測定血液的HBV-DNA也同樣會得到陽性的結果，且通常會大於105 copies/mL。但HBeAg（–）時，不一定代表血中病毒數目就會很少。臨床上常發現HBeAg陰性的慢性B肝患者，其肝功能照樣持續異常，且HBV-DNA也是呈現陽性，換句話說傳染力還是很高，原因可能為再次感染、或病毒突變等。