在婦產科方面，AFP應用於評估胎兒神經管缺損及計算唐氏症的發生機率。測定孕婦的AFP被廣泛應用於懷孕第15-20週的婦女，藉由AFP濃度評估胎兒神經管缺損及唐氏症機率。AFP上升伴隨羊水AFP濃度也偏高，胎兒罹患神經管缺損（NTD）的機率增高；若AFP濃度明顯偏低，則提高胎兒罹患唐氏症機率。通常會一起評估母血HCG的濃度，做進一步的機率換算。唐氏症檢查需要填寫出生年月日、懷孕週數、體重、採血日期等資料的特定格式。