臨床上，未知原因的腹瀉可能需要觀察糞便寄生蟲，其中包含原蟲、阿米巴或經由汙染的飲食傳染之腸道寄生蟲。透過顯微鏡檢查蟲卵，可提供醫師確定診斷寄生蟲感染並進行治療。顯微鏡下觀察陽性結果可能為腸道蠕蟲蟲卵或其它原蟲類（如：人芽囊原蟲、纖毛原蟲類以及阿米巴原蟲類等），其中阿米巴原蟲類又可分為：疑似痢疾阿米巴原蟲、哈氏阿米巴、微小阿米巴、嗜碘阿米巴以及大腸阿米巴。